Plán hlavních povodí je předmětem kritiky ze strany obcí i nevládních organizací zejména kvůli výčtu 201 lokalit vhodných pro výstavbu přehrad. Podle Ministerstva zemědělství představuje seznam pouze území, která mají být hájena pro budoucí využití. V tomto smyslu se ve společném stanovisku vyjádřilo i Ministerstvo životního prostředí: „Hlavní pořizovatelé se shodli, že zájmem strategického dokumentu je nepřipustit znehodnocení těchto lokalit, aby příští generace měly možnost rozhodnout o jejich případném způsobu využití. Seznam hájených lokalit není plánem výstavby přehrad,“ tvrdila obě ministerstva.
Projekt přehrady v Mělčanech u Dobrušky je však s prohlášením ministerstev v rozporu. „Případ přehrady v Mělčanech u Dobrušky jasně dokládá, že seznam přehrad v Plánu hlavních povodí není jen obecným výčtem v daleké budoucnosti využitelných území, jak se nás snaží přesvědčit Ministerstvo zemědělství,“ komentuje případ Martin Hanousek z ČSOP Jaro Jaroměř.
Podle Kateřiny Hlavaté ze sdružení Arnika schválení současné podoby Plánu hlavních povodí znamená, že přehrady mohou být realizovány kdykoliv „Plán hlavních povodí má představovat státní politiku v oblasti vodního hospodářství a určovat obecné zásady správy toků. Rozhodně nemá legitimizovat realizaci megalomanských plánů přehrad ze sedmdesátých let minulého století.“ uvedla Kateřina Hlavatá. „Přehrady neřeší příčiny problémů se suchem ani s povodněmi. Plán hlavních povodí by se měl zaměřit především na prosazování přírodě blízkých opatření, která pomohou zadržet vodu v krajině a mohou nás lépe ochránit i před povodněmi. O těch se ale dokument zmiňuje velice obecně,“ dodala Hlavatá.
Realizace přehrad navržených v Plánu hlavních povodí by podle jejích slov znamenala nejen zbytečné poškození přírody a cenné krajiny, ale některé přehrady by zároveň zatopily celé obce.
Plán hlavních povodí právě prošel procesem posuzování vlivů koncepcí na životní prostředí (tzv. SEA), v kterém Ministerstvo životního prostředí vydalo souhlasné stanovisko. Proti Plánu hlavních povodí se postavilo i několik desítek obcí sdružených v koalici Stop přehradě.
Projekt přehrady v Mělčanech prošel variantním posouzením vlivů na životní prostředí (tzv. EIA) u krajského úřadu Královéhradeckého kraje. Ten z hlediska dopadů na přírodu a krajinu sice doporučil variantu suchý poldr, ale zároveň za určitých podmínek a s ohledem na Plán hlavních povodí připustil i vybudování vodní nádrže. Kterou variantu bude nakonec investor (Povodí Labe) realizovat, je na jeho výběru. Více informací najdete zde.