Při nedávném setkání ministra životního prostředí s nevládními organizacemi ohledně budoucnosti Natury 2000 byla diskutována i lokalita Labské údolí. Ministr Bursík se v této souvislosti zmínil, že při jednání se saským ministrem životního prostředí Stanislawem Tillichem se naprosto shodli v otázce jezů na českém dolním Labi. Oba ministři svýstavbou jezů nesouhlasí. Zároveň nedlouho po této návštěvě se pro saský odborný časopis Hafenbrief vyjádřil Vít Šimonovský, vedoucí Odboru vnitrozemské lodní dopravy na českém Ministerstvu dopravy: „Modernizace přístavů v Čechách stejně jako modernizace Labe dvěma nebo i jedním jezem na našem území se vyplatí pouze za předpokladu, že i na německém Labi bude zlepšena splavnost.“
O dalším prohlubování německého Labe za hranicemi s Českou republikou se ale v Německu vedou spory. Labe má typicky málo vody a v souvislosti s klimatickou změnou lze očekávat, že voda bude ještě ubývat. Německo se ale již v roce 1992 rozhodlo, že žádné další jezy stavět nebude. V současnosti se v Německu vedou diskuze, zda je pouze s pomocí prohrábek a udržovacích prací možné dosáhnout požadované plavební hloubky. Zároveň nevládní organizace vedou diskuze o efektivnosti takto vynaložených nákladů. Vít Šimonovský svým výrokem potvrdil, že do budoucna se i nadále uvažuje o dvou jezech na českém Labi. To je ale v rozporu s předchozími tvrzeními Ministerstva dopravy o kompromisu jednoho jezu i s výroky ředitele ředitelství vodních cest Miroslava Šefary.
Labské údolí bude navrženo na doplnění Natury 2000. Jak upozornil Petr Roth, ředitel Odboru mezinárodní ochrany biodiverzity Ministerstva životního prostředí, Evropská komise při jednání o podobě Natury 2000 v České republice upozornila, že tuto lokalitu je třeba doplnit, aby byla zachována významná migrační trasa např. pro lososa ale i pro jiné druhy.
