Nejhorší kvalita vody byla v minulém roce zaznamenána v Bílině. Příčnou je podle hydrologů její malý průtok a koncentrace průmyslových podniků. Hlavním zdrojem znečištění na Bílině je podle předkladatelů zprávy společnost Chemopetrol. Přestože na tomto toku se mírně snížil obsah rtuti, stále je v ní velké množství chlorovaných látek, boru a mědi. V sedimentech je vysoké množství hexachlorbenzenu, což lze spojovat s znečištěním ve Spolchemii v Ústí nad Labem. Zvlášť nebezpečnými látkami jsou znečištěny například i Olše a Ostravice.
Kvalita vody se naopak dlouhodobě zlepšuje na hlavních českých tocích - Labi, Vltavě, Moravě a Odře. Podle hydrologů se tak děje výstavbou a lepším fungováním čistíren odpadních vod, rušením nebo omezením výroby řady průmyslových podniků a omezením používání hnojiv v zemědělské výrobě.
V porovnání s rokem 2003 se mírně zlepšila i kvalita podzemních vod. Stejně jako v minulých letech jsou jejími největšími znečišťovateli dusíkaté látky, chloridy a kovy. Nejvyšší koncentrace dusíkatých látek je v oblastech s velkou zemědělskou aktivitou.
Česká inspekce životního prostředí (ČIŽP) evidovala v loňském roce 306 případů havarijního znečištění nebo ohrožení jakosti vod. Téměř v polovině z nich kvalitu vody kontaminovaly ropné látky. Na pokutách ČIŽP v souvislosti s ohrožením vodních zdrojů vybrala přes 25 milionů korun.
